Il nome del paese, composto,  sembra derivare da un nome proprio di persona "Cisius" e l'attributo  "maternus" con buona probabilità ad indicare che l'originario nucleo di Cesano è stato trasmesso in eredità per linea materna.

In epoca medievale Cesano era feudo del monastero di Orona, una sudditanza questa, fonte di notevoli scontri , come testimoniato dalle cronache del tempo che parlano di diversi episodi di rivolta da parte dei cittadini che si rifiutavano di consegnare parte del raccolto come tributo alle Badesse.

I conflitti sfociarono nella sanguinosa rivolta del 1228 sotto la guida di Domenico Dall'Acqua, nel corso della quale vennero rase al suolo tutte le torri cittadine, le mura e il fossato; a seguito dell'intervento  delle truppe milanesi la rivolta venne rapidamente sedata e ripristinata la sovranità del monastero sulla città.

All'inizio del XVI secolo la zona venne venduta a Bartolomeo Arese ed ebbe inizio il legame con questa nobile famiglia Milanese, che divenne Borromeo-Arese a seguito delle nozze di Giulia Arese e Renato Borromeo.

Sarà Napoleone Bonaparte a sottrarre la città al controllo dei nobili e ad annetterla prima alla Repubblica Cisalpina poi al Regno d'Italia di cui divenne parte nel 1861.